Bouche et Charmy se retirent en Auvergne pendant l'Occupation. Il tombe malade d'un problème de circulation sanguine et en 1941 il meurt. Charmy continue en Auvergne jusqu'à la fin de la guerre.
Après la Libération, Charmy retourne à Paris et retrouve le grand atelier de la rue Bourgogne. Dans les années qui suivent, Charmy continue à peindre mais elle n'exposera plus guère, hormis chez Jeanne Castel en 1949 et 1952. il y aura aussi une exposition personnelle en 1963 à la galerie Paul Pétridès à Paris.
Novembre 1974 : décès d'Émilie Charmy à Paris, à l'âge de quatre-vingt-seize ans.
ARCHIVES EMILIE CHARMY 123, RUE VIEILLE-DU-TEMPLE 75003 PARIS 01 42 72 60 03 archives@emiliecharmy.fr